Zadaniem anatomii klinicznej jest takie przedstawienie struktur ciała ludzkiego, aby umożliwić zrozumienie jego budowy i czynności w warunkach prawidłowych, a także chorobowych. Wiedza ta służy przede wszystkim wyrobieniu myślenia lekarskiego podczas badania, postawieniu właściwej diagnozy i decyduje o wyborze leczenia. Anatomia kliniczna bazuje na znajomości anatomii opisowej i czynnościowej, korzystając w znacznym stopniu z danych anatomii topograficznej. Współczesna diagnostyka opiera się nie tylko na wynikach badania fizykalnego (oglądanie, palpacja, opukiwanie, osłuchiwanie), ale także korzysta w szerokim zakresie z metod obrazowania (rentgenografia wraz z jej bardziej zaawansowanymi technikami, tomografia komputerowa, ultrasonografia, rezonans magnetyczny, diagnostyka radioizotopowa) oraz pozwalających na oglądanie wnętrza żywego organizmu - endoskopowych, laparoskopowych czy artroskopowych. Często niezbędne są badania cytologiczne, histopatologiczne, a także różnego rodzaju metody badań laboratoryjnych. Przydatność anatomii jest we wszystkich wymienionych sytuacjach oczywista, a nawet tam, gdzie na pozór nie wydaje się konieczna (w diagnostyce laboratoryjnej potrzebna jest np. znajomość miejsc pobierania materiału do badań). W wielu dyscyplinach medycznych stosowane są wysoce specjalistyczne metody diagnozowania (np. badania elektrofizjologiczne), których wykonanie również wymaga pewnych wiadomości anatomicznych. Znajomość anatomii jest również niezbędna podczas postępowania terapeutycznego (głównie leczenia operacyjnego) i w anestezjologii (np. znieczulenia przewodowe czy nadoponowe).